1998年4月8-12日，第二届厦门对台出口商品交易会在厦门富山国际展览城举行，厦门友城商品博览会、98建材装饰材料与设备展示会同期举行。

1998年8月，外经贸部决定，从第三届开始，特别授权厦门市人民政府和中国机电、轻工、纺织三个进出口商会共同主办台交会。组委会决定从第三届开始台交会面向全球招商。

1999年4月8-12日，第三届厦门对台出口商品交易会在厦门富山国际展览城举行，本届台交会共有32个国家和地区的境外客商参会。

1998年6月，组委会决定2000年的第四届台交会尝试由综合展改为机电专业展，邀请台湾机电企业参展，增加“海峡两岸机械电子商品交易会”名称，举办时间调整为4月12日至15日，同期举办“厦门国际电脑暨通讯电子产品展览会”。

1998年9月-11月，组委会先后与台中世贸中心、台北市电脑公会、台湾区电机电子工业同业公会达成协议，邀请上述三家专业机构协 办第四届台交会。

2000年4月12-15日，第四届台交会在厦门富山国际展览城举行，全国政协副主席罗豪才莅会剪彩。

1999年8月，组委会报请外经贸部批准，第五届台交会开始正式定名为“海峡两岸机械电子商品交易会”，同时保留“厦门对台出口商品交易会”名称，增加台湾区电机电子工业同业公会为主办单位，中国轻工工艺品进出口商会、中国纺织品进出口商会不再作为台交会主办单位。

2001年4月12-15日，第五届台交会首次在新落成的厦门国际会议展览中心举行，本届台交展位首次突破1000个，达1200个国际标准展位。全国人大常委会副委员长何鲁丽、全国政协副主席张克辉为开幕式剪彩。

2002年4月12-15日，第六届台交会在厦门国际会议展览中心举行。全国人大常委会副委员长姜春云致电祝贺。首次举办“海峡两岸机电产业合作论坛”。

2002年4月15日，中共中央政治局常委尉建行莅临第六届台交会展馆视察。

2003年4月13-16日，第七届台交会在厦门国际会议展览中心举行，首次举办机电制造业跨国采购洽谈会。受“非典”影响，本届台交会展览规模和参会客商均比上届略有下降。

2004年4月12-15日，第八届台交会在厦门国际会议展览中心举行，首次增设光电馆。

2004年4月14日，全国人大常委会副委员长李铁映莅临第八届台交会展馆视察。

2004年9月，科技部半导体照明工程领导小组办公室和国家新材料行业生产力促进中心决定与厦门市政府共同在第九届台交会期间主办“2005中国（厦门）国际半导体照明展览会”，同期举办“2005中国（厦门）国际半导体照明论坛”。

2004年9月，中国汽车工业协会决定与组委会在第九届台交会期间共同主办“2005中国（厦门）汽车零部件及相关设备交易会”。

2005年4月12-15日，第九届台交会在厦门国际会议展览中心举行，本届台交会展位1480个。

2006年4月8日-11日，第十届台交会在厦门国际会展中心隆重举行。中共中央政治局委员、国务院副总理吴仪为本届台交会发来了贺信，对第十届台交会的隆重开幕表示热烈祝贺，“希望台交会抓住机遇，与时俱进，不断提高办会水平，一届办得比一届好，为加强与扩大两岸经贸交流与合作做出更大的贡献”。

第十届台交会参展企业共计760多家，展位规模达1612个。参展的台湾本岛企业有108家，展位接近300个，共有来自46个国家和地区的19019名专业客商参会，其中境外客商4018人，台商达2016人。

第十届台交会期间，由台交会组委会、厦门市人事局、台湾泛亚人力资源公司、厦门市人才交流中心共同主办的“台湾地区专业人才暨大学毕业生大陆就业交流会”是祖国大陆举办的第一个专门针对台湾专业人才的交流会，开创两岸人才交流活动之先河。

鉴于台湾及其他境外参展企业日益增加，台交会进口功能突显，组委会决定台自第十一届始，“厦门对台出口商品交易会”正式更名为“厦门对台进出口商品交易会”，并继续与“海峡两岸机械电子商品交易会”并用。

2006年4月8日，全国政协副主席张克辉亲临第十一届台交会，并为大会启动开幕仪式。

第十一届台交会新增了台湾区车辆工业同业公会和台中世界贸易中心两大机构作为台交会的协办单位。

本届台交会首次举办了“海峡两岸动漫展”、“2007’海峡两岸观鸟生态展暨生态旅游论坛”等活动。大会共吸引了来自42个国家和地区的23338名专业客商参会。

2008年4月8日-11日，第十二届台交会在厦门国际会展中心举行。原全国人大常委会副委员长、著名经济学家成思危为本届大会开幕，并在海峡两岸经贸论坛上发表演讲。

第十二届台交会共有715家境内外企业参展，展位总数达1810个，展览面积达40000平方米。同期举办的“2008中国（厦门）节能照明展”和“海峡两岸平板显示展”成为大会亮点。

第十二届台交会共吸引了来自39个国家和地区的27815名专业客商参会，其中境外客商4352人。台湾仍是本届台交会境外客商来源最多的地区，参会台商达2242人。

第十三届台交会展览面积达5万平方米，展位数达1970个，展览质量和专业化水平进一步提升，两岸企业参展热情不减，共有800多家境内外企业参展，其中，台湾企业共有212家，设置了508个展位。大会共吸引了来自40个国家和地区的31844名专业客商参会。

从第十三届台交会开始，同期举办中国（厦门）国际工程机械暨建材机械展览会。该届展会展览规模近500个展位，展览面积达10000㎡，厦工、晋工、龙工、中骏、南方路机、日本住友、韩国现代等龙头企业参展。

该届台交会首次同期举办的“2009海峡两岸高等职业教育展览会”是该届台交会的另外一大亮点，共有来自海峡两岸107所高等职业院校参展，开创了两岸高职院校首次同台亮相的新纪录。

两岸金融对接合作成为本届台交会的亮点之一。2009年4月10日，国台办和中国银行总行举办“台商银企合作推介会”， 积极推动两岸更紧密的金融合作。此外，还首次举办了“海峡两岸技术贸易对接会”。

2010年4月8日-11日，第十四届台交会在厦门会展中心举行。共有800多家企业参展，展位总数达2547个（其中台湾企业展位500多个），展览规模同比扩大三成。

“2010中国（厦门）国际工程机械暨建材机械展览会”获得重大突破，吸引70家整机生产企业和200多家零部件生产企业参展，展位达878个。

本届台交会共吸引了来自31个国家和地区的34839名专业客商参会，比上届增加3000多人，其中，境外客商5546人。台湾仍是境外客商来源最多的地区，参会台商达2438人。